NCBI BLAST(기본 국소 정렬 검색 도구)를 사용하여 서열 검색을 수행하는 것은 유전체학, 분자생물학, 생물정보학 연구자들에게 기본적인 기술입니다. 이 도구를 사용하면 뉴클레오티드 또는 단백질 서열을 데이터베이스와 비교하여 서열 유사성, 기능 또는 진화적 관계를 파악할 수 있습니다. 유전자 기능 파악부터 진화 추세 연구까지 과학적 발견을 신속하게 처리할 수 있다는 점에서 중요한 의미를 지니고 있습니다. 학생이든 숙련된 연구원이든 BLAST를 마스터하면 생물정보학 역량을 향상시킬 수 있습니다. 이 가이드는 NCBI BLAST 검색을 정확하게 수행하는 데 도움이 되는 단계별 지침을 제공합니다.
필요한 자료 또는 도구
시퀀스 검색을 시작하기 전에 다음 사항이 준비되어 있는지 확인하세요:
| 재료/도구 | 목적 |
|---|---|
| 관심 순서 | 분석하고자 하는 뉴클레오티드/단백질 서열입니다. |
| 인터넷 연결 | NCBI 웹사이트에서 온라인 BLAST 도구에 액세스하세요. |
| NCBI 계정(선택 사항) | 결과를 효율적으로 저장하고 정리하세요. |
| 자바스크립트가 활성화된 브라우저 | NCBI BLAST 인터페이스와의 호환성을 보장합니다. |
단계별 지침
1단계: NCBI BLAST 도구에 액세스하기
먼저 NCBI BLAST 웹페이지로 이동합니다. 이 페이지에서 BLASTn(뉴클레오티드 서열용), BLASTp(단백질용) 등 다양한 BLAST 프로그램 중에서 선택할 수 있는 중앙 허브입니다.
- 웹 브라우저를 열고 주소창에 URL을 입력합니다
.폴리랑 플레이스홀더는 수정하지 않습니다.
2단계: 시퀀스 입력
BLAST 프로그램 페이지에서 ‘쿼리 시퀀스 입력’ 상자를 찾습니다. 여기에서 뉴클레오티드 또는 단백질 서열을 입력합니다.
- 파일 또는 문서에서 시퀀스를 복사합니다. 시퀀스 뒤에 “>” 줄로 시작하는 FASTA 형식인지 확인합니다(시퀀스 뒤에 “>” 줄로 시작).
- 시퀀스를 텍스트 상자에 직접 붙여넣습니다. 또는 파일 선택을 클릭하고 파일을 선택하여 시퀀스가 포함된 파일을 업로드할 수도 있습니다.
3단계: 데이터베이스 선택
검색할 데이터베이스를 선택합니다. 인기 있는 옵션은 다음과 같습니다:
- NR/NT: 중복되지 않는 뉴클레오티드 또는 단백질 데이터베이스.
- RefSeq: 고품질 참조 서열.
- 전체 게놈 샷건(WGS): 보다 구체적인 검색을 위한 게놈 서열입니다.
드롭다운 메뉴를 사용하여 원하는 데이터베이스를 선택합니다. 일반 검색의 경우 기본값인 nr/nt 옵션이 잘 작동합니다.
4단계: 검색 매개변수 조정(선택 사항)
연구 필요에 맞게 검색 매개변수를 미세 조정하세요:
- 최대 대상 시퀀스: 표시되는 결과의 수를 조정합니다.
- E-값 임계값: 일치 항목의 통계적 유의도를 정의합니다. 값이 낮을수록 더 중요한 일치 항목을 나타냅니다.
- 알고리즘: 정확도를 높이기 위해 표준 또는 민감 검색 옵션 중에서 선택하세요.
5단계: 검색 수행
페이지 하단의 BLAST 버튼을 클릭하여 시퀀스 검색을 시작합니다.
- 데이터베이스와 시퀀스 길이에 따라 검색에 몇 초에서 몇 분 정도 걸릴 수 있습니다.
- 진행률 표시줄을 모니터링하여 완료 시간을 예상할 수 있습니다.
6단계: 결과 검토 및 해석
검색이 완료되면 BLAST는 시퀀스 일치에 대한 자세한 보고서를 표시합니다:
- 그래픽 요약: 정렬을 색상으로 구분한 그래픽 표현입니다.
- 설명: 설명: 유기체 이름, 점수, E-값을 포함한 중요한 일치 목록입니다.
- 정렬: 정렬: 쿼리 범위 및 유사성을 가진 상세한 쌍별 정렬입니다.
이 섹션을 사용하여 시퀀스의 유사성을 분석하고 의미 있는 결론을 도출하세요.
팁 및 경고
성공을 위한 팁
| 팁 | 혜택 |
|---|---|
| 시퀀스가 정확한지 확인 | BLAST 결과의 오류를 방지하세요. |
| 더 빠른 결과를 위해 더 작은 데이터베이스를 사용하세요. | 타깃 연구에 대한 검색 속도를 높입니다. |
| 결과를 자주 저장하세요 | 세션 시간 초과로 인한 데이터 손실을 방지하세요. |
실수 방지를 위한 경고 사항
| 경고 | 영향 |
|---|---|
| 불완전한 시퀀스 사용 방지 | 결정적이지 않은 경기로 이어질 수 있습니다. |
| E-값을 무시하지 마십시오. | 결과에 대한 잘못된 해석이 발생할 수 있습니다. |
| 시퀀스가 FASTA 형식인지 확인합니다. | 파스타가 아닌 입력은 검색 실행에 오류를 일으킬 수 있습니다. |
결론
NCBI BLAST는 현대 생물학에서 서열 분석을 위한 귀중한 도구입니다. 다음 단계를 따라 BLAST 검색을 효율적으로 수행하고 서열 유사성 및 진화 관계에 대한 중요한 인사이트를 도출할 수 있습니다. 연습이 완벽을 만든다는 사실을 기억하시고, 주저하지 마시고 도구를 더 자세히 살펴보고 기술을 연마하세요. BLAST를 통해 여러분의 연구 활동을 향상시켜 보세요!
FAQ
NCBI BLAST의 목적은 무엇인가요?
NCBI BLAST는 연구자들이 뉴클레오티드 또는 단백질 서열을 데이터베이스와 비교하여 유사성, 유전자 기능 및 진화 관계를 파악하는 데 도움을 줍니다.
BLAST를 사용하려면 NCBI 계정이 필요한가요?
아니요, 계정은 선택 사항이지만 검색 결과를 효율적으로 저장하고 정리할 수 있습니다.
염기서열은 어떤 파일 형식이어야 하나요?
염기서열은 “>” 줄로 시작하여 염기서열 뒤에 오는 FASTA 형식이어야 합니다.
리소스
- UC 버클리 도서관 가이드: BLAST 알아보기: 염기서열 비교 및 식별 – NCBI
- 국립 보건원: BLAST 퀵스타트 알아보기 – 비교 유전체학
- Geneious:BLAST 검색에 대해 자세히 알아보기
